La selección mexicana tenía previsto participar en el torneo en condición de invitada. Sin embargo, el 8 de mayo de 2009 la Federación Mexicana de Fútbol anunció su retiro por tiempo indefinido de cualquier competencia organizada por la Conmebol debido a su desacuerdo con una resolución del ente continental, que consistía en que los equipos mexicanos clasificados a la fase de octavos de final de la Copa Libertadores 2009 debían disputar sus series en partidos únicos y en las canchas de sus respectivos rivales, los cuales se negaron a jugar en México a raíz de la pandemia de gripe A (H1N1). Por tanto, la participación de la selección mexicana, en su condición de invitada, prevista para este torneo había sido cancelada por el momento. No obstante, las autoridades mexicanas no descartaron una posible solución al conflicto en el futuro.
En el Congreso Extraordinario y reunión de Comité Ejecutivo de la Conmebol realizado en Bahamas el 1 de junio de 2009, se convocó a una reunión con las autoridades de la Federación Mexicana de Fútbol. El tema predominante a debatir es la situación surgida a raíz de la pandemia de gripe que desembocó en el retiro del fútbol mexicano de cualquier competencia de la Conmebol. De esta forma, se intentaría resolver la situación del seleccionado mexicano que recibirá la invitación formal de participar en esta edición de la Copa América. Finalmente, México anunció su regreso formal a las competiciones de la Conmebol, por lo que confirmó su participación de la Copa América 2011. No obstante, en noviembre de 2009, nuevamente quedó en riesgo la participación mexicana en el certamen por la proximidad de fechas de la Copa América con la Copa Oro de 2011. Dada esta situación de conflicto de calendarios, la selección mexicana será representada en el torneo por una selección sub-22 más cinco refuerzos.
Por otra parte, Japón era el otro seleccionado que completaba los 12 cupos del torneo en lugar de los Estados Unidos, pero debido al terremoto que sufrió dicho país el 11 de marzo de 2011 y sumado a la crisis nuclear, se retiró de la Copa América. Se plantearon como posibles reemplazos las selecciones de Estados Unidos, Canadá, Honduras, Costa Rica o España. Sin embargo a pesar de anunciar su retirada por los daños del terremoto y el tsunami, Japón aceptó participar como invitada en la Copa América, pero el 16 de mayo renuncia por segunda vez y de forma definitiva a participar de esta competición, siendo la selección costarricense quién ocupará su lugar.
